Phân loại dưới đây lấy theo Meylan & Ganko, 1988 (sửa đổi theo Meylan & Ganko, 1997 và Meylan, 2001) và Anquetin, Barrett, Jones, Moore-Fay & Evans, 2009[3]. Khi hiểu Testudines Linnaeus, 1758 (không Batsch, 1788) sensu Lee, 1996 (tương đương với Rhaptochelydia Gaffney & Kitching, 1994 như ở dưới đây) thì bộ này được chia thành các phân bộ và chi riêng lẻ như sau:

CHELONIA Macartney, 1802 = Testudinata sensu Zardoya & Meyer, 2001:

• †Odontochelys
• †Australochelys
• Rhaptochelydia Gaffney & Kitching, 1994 = Testudines Linnaeus, 1758 [không Batsch, 1788] sensu Lee, 1996.
  • †Chinlechelys
  • †Proganochelys (= Proganochelyidae/Proganochelydia)
  • ?†Palaeochersis - đặt vào đây không chắc chắn.
  • ?†Condorchelys - đặt vào đây không chắc chắn.
  • ?†Eileanchelys - đặt vào đây không chắc chắn.
  • ?†Hackerochelys - đặt vào đây không chắc chắn.
  • Casichelyidia Gaffney, 1975 (tương đương với Testudinata Klein, 1760 (không Linnaeus, 1758) sensu Lee, 1997)
    • Cryptodira Cope, 1864 (fide Gaffney & Maylan, 1988)
    • Pleurodira Dumeril & Bibron, 1835 [không Cope, 1871]

Gaffney & Kitching, 1994 chia Chelonia ra như sau:

• † Australochelidae
  • †Australochelys
• Rhaptochelydia
  • †Proganochelydia
    • †Proganochelyidae
      • †Proganochelys
  • Casichelyidia
    • Cryptodira
    • Pleurodira

Trong khi đó, một số tác giả khác như Sterli (2008); Li, Wu, Rieppel, Wang, Zhao (2008); Anquetin, Barrett, Jones, Moore-Fay, Evans (2009) và Joyce, Lucas, Scheyer, Heckert, Hunt (2009) nói chung lại chia Testudinata ra thành một vài chi tuyệt chủng ở nhóm thân cây và Testudines là nhóm chỏm cây. Cụ thể xem sơ đồ cây phát sinh chủng loài tại Mikko's Phylogeny Archive[4].

Cryptodira

• †Kayentachelys
• †Indochelys
• Selmacryptodira
  • †Paracryptodira (= ? Pleurosternoidea Hay, 1930)
    • †Kallokibotiidae
    • †Mongolochelyidae
    • †Solemydidae
    • †Pleurosternidae (bao gồm cả Chengyuchelyidae)
    • †Glyptopsidae ("Glyptopsinae")
    • †"Dinochelinae"
    • †Baenoidea (Baenidae sensu lato)
      • †Neurankylidae
      • †Macrobaenidae
      • †Baenidae sensu stricto
  • Eucryptodira Gaffney, 1975 sensu Gaffney, 1984 (= Daiocryptodira Milner, 2004)
    • †Eurysternidae
    • †Plesiochelyidae
    • ? †Xinjiangchelyidae
    • Centrocryptodira
      • †"Sinemys"
      • †Chubutemys
      • †Meiolaniidae
      • †Osteopygis
      • ? †"Macrobaenidae"
      • ? †"Sinemydidae"
      • †Judithemys
      • †Hangaiemys
      • Polycryptodira (= Cryptodira sensu Parham & Hutchison, 2003)
        • Chelydridae
        • Procoelocryptodira
          • Chelonioidea
            • "Chelonioinea"
              • †Toxochelyidae
              • Cheloniidae
            • Dermochelyoidea
              • †Cimochelys
              • †"Protostega"
              • †Thalassemyidae
              • "Dermochelyoinea"
                • Dermochelyidae
                • †Protostegidae (có thể tách riêng họ Desmatochelyidae)
          • Chelomacryptodira
            • †Planetochelys
            • Trionychoidea
              • †Hoplochelys
              • †Adocidae (bao gồm cả Nanshiungchelyidae)
              • †Emarginachelys
              • Dermatemydidae
              • Kinosternidae (có thể bao gồm cả phân họ Staurotypinae, mặc dù phân họ này đôi khi xếp trong họ Chelydridae)
              • †Sandownia
              • Carettochelyidae
              • Trionychidae
              • Không chắc chắn
                • †Khunnuchelys
                • †(Axestemys) (có thể là một phần của Rafetus)
            • Testudinoidea
              • ? †Haichemydidae
              • ? †Sinochelyidae (bao gồm cả Peishanemydidae)
              • ? †Lindholmemydidae
              • Emydidae (đôi khi tách riêng các họ Platysternidae và Geoemydidae)
              • Testudinidae

Pleurodira

• †Proterochersidae (= Minipleurodira)
• Megapleurodira
  • ? †Dortokidae
  • †Platychelira
    • †Platychelyidae
  • Eupleurodira
    • Cheloides
      • Chelidae (= Chelyidae)
    • Pelomedusoides (= Pelumedusidae sensu lato)
      • Pelomedusera (= Pelomedusoidea)
        • †Araripemydidae
        • Pelomedusidae (= Eusarkiidae)
      • Podocnemidera
        • ? †Teneremys
        • †Euraxemydoidea
          • †Euraxemydidae
        • Podocnemidoidea
          • †Bothremydinura
            • †Bothremydidae
          • Podocnemidinura
            • †Brasilemys
            • †Hamadachelys
            • Podocnemididae
• Không chắc chắn:
  • †Apoidochelys
  • †Bauruemys
  • †Carteremys
  • †Palaeaspis (bao gồm cả Palaeochelys, Palemys)
  • †Paralichelys
  • †Potamochelys
  • †Stupendemys

Không chắc chắn

• †Chitracephalus
• †Neusticemys
• †Scutemys
• †Chelycarapookidae